ある夏の日、ごく普通の主人公ケータは虫取りに出かけていた。その最中に森の中で奇妙なガシャを見つける。どこからかともなく聞こえてくる謎の声に誘われ、ケータは恐る恐るガシャに100円を入れると、出てきたガシャ玉の中から妖怪執事ウィスパーが現れた。ケータはウィスパーに「妖怪ウォッチ」という妖怪を見ることができる時計を渡される。ケータは妖怪ウォッチを使い、いろんな人々や妖怪達の悩みを解決していく