少女シータは、政府の特務機関に捕らえられ飛行船に乗せられていた。彼らの狙いはシータが亡き母から受け継いだ、謎の青い石のペンダントだった。そこへその石を同じく狙う空中海賊ドーラ一家の襲撃があり、逃げようとしたシータは誤って飛行船から転落してしまう。シータは石が放つ不思議な光に包まれて気を失いながらゆっくりと落ちて行き、鉱山で働く少年パズーに助けられる。

パズーはシータが追われていることを知り、彼女を守って共に逃げる。ドーラ一家に追われた二人は谷の廃坑に落ちるが、石の力によって再び救われる。石に詳しい老人ポムによれば、それは昔ラピュタで作られた飛行石だという。ラピュタは空に浮かぶという伝説の城だが、今は亡きパズーの父は生涯で一度だけラピュタをその目で目撃しており、詐欺師扱いされた父の汚名を晴らすべくラピュタへ行くことがパズーの夢だった。地上に戻った後、実在を確信してラピュタ探索への意欲を燃やすパズーに、シータは愁いを帯びた表情で古くから伝えられてきたという秘密の名前を打ち明け、その名前の中に「ラピュタ」という単語が含まれていることにパズーは驚く。