ファシスト政権が統治する大戦間期のイタリア。深紅の飛行艇サボイアを操る豚のポルコ・ロッソは、かつて人間だった頃イタリア空軍のエースだったが、今はアドリア海の小島に隠棲し、空中海賊（空賊）退治を請け負う賞金稼ぎとして暮らしている。ある晩、昔馴染みのジーナが営むホテル・アドリアーノを訪れたポルコは、米国製の飛行艇を操るアメリカ人カーチスに出会う。カーチスは空賊連合が雇った用心棒だった。彼はポルコを撃墜して名を挙げたいと考える。しばらく後、サボイアのエンジン整備のためミラノに向かって飛んでいたポルコはカーチスと遭遇し、エンジン不調のまま撃墜されてしまう。ポルコは大破した愛艇をミラノの工房ピッコロ社に持ち込むが、ピッコロのおやじの孫でまだ17歳の少女フィオが共同で修理に当たるという。ポルコは不安を感じて一時は他所を当たろうと思うが、フィオの熱意に絆されて愛機の設計を任せる。