現役時代はFWとしてプレーし、1990年から現役を引退する2001年までマインツに所属。 引退後はすぐに当時2部のマインツの監督に就任し、2003ー04シーズンには初のブンデスリーガ昇格に導いた。 06-07シーズンに2部に降格。07-08シーズンでも昇格を逃したため退任。 08-09シーズン、ドルトムントの監督に就任すると、低迷していた名門を復活させ、 サヒンやグロスクロイツ、ゲッツェらを育成。10-11シーズンには新戦力の香川真司をトップ下で 抜擢し、前半戦から脅威的な勢いで勝ち点を積み上げ、9シーズンぶりのリーグ制覇に導き、 自身初のタイトルを獲得した。しかし、その後はバイエルンに後塵を拝し、 14-15シーズンは一時降格圏内まで転落。15年4月にシーズン終了後の退団を発表した。 15年10月、成績不振で解任されたブレンダン・ロジャースの後任でリバプールの新監督に就任した。

2015年10月8日、プレミアリーグの名門リヴァプールFCの監督に就任。プレミアリーグではフェリックス・マガトに次ぐリーグ史上2人目のドイツ人監督となる。 就任初年度は、フットボールリーグカップ、UEFAヨーロッパリーグと2つの大会で決勝進出を果たしたが、共にタイトル獲得はならなかった。

2016-17シーズンはプレミアリーグで第4位となり、プレーオフからの出場ながらUEFAチャンピオンズリーグ出場権獲得に成功した。

2017-18シーズンに、モハメド・サラー、アレックス・オックスレードチェンバレン、シーズン途中にフィルジル・ファン・ダイクを獲得。UEFAチャンピオンズリーグでは、準々決勝ではマンチェスター・シティFCを、準決勝ではASローマを破り、チームを2007年以来の決勝に導いた。決勝ではレアル・マドリードに1-3で敗れた。

2019年5月8日、UEFAチャンピオンズリーグ準決勝FCバルセロナ戦にて1stレグを0-3と大敗しながらも、ホームでの2ndレグで主力であるモハメド・サラーやロベルト・フィルミーノ等の選手が怪我等で欠場した中、ディヴォック・オリジ、ジョルジニオ・ワイナルドゥム、トレント・アレクサンダー＝アーノルドらの活躍により4-0と奇跡の大逆転勝利を収め2年連続決勝出場を果たすと、決勝では後半途中に怪我上がりのフィルミーノに代えてオリジを投入し、そのオリジが試合を決定付けるゴールを決める采配を的中させるなど、トッテナムを2-0で破りチームに14年ぶりのチャンピオンズリーグ優勝をもたらし、自身も3度目のチャンピオンズリーグ決勝にして初めての優勝を果たした。一方リーグ戦では僅か1敗という好成績を残したがマンチェスター・シティに勝ち点1差で及ばずリーグ優勝を逃した。

2019-20シーズンは開幕から順調に勝ち点を獲得し、12月4日のエヴァートンFC戦でプレミアリーグ通算100勝を達成した。監督就任から159試合での100勝はリヴァプール史上最速であり、プレミアリーグとしてもジョゼップ・グアルディオラの134試合、ジョゼ・モウリーニョの143試合に続く歴代3位であった。また同試合において32試合無敗のクラブ新記録も達成した。

12月10日に行われたUEFAチャンピオンズリーグのRBザルツブルク戦に勝利し決勝トーナメント進出を決め、2日後の13日には契約を2024年まで延長したことがクラブ公式サイトより発表された。FIFAクラブワールドカップでは準決勝でCFモンテレイを2-1、決勝でCRフラメンゴを1-0で破り、前身のインターコンチネンタルカップを含め初のクラブワールドカップ優勝に導いた。そして引き続き国内リーグで快進撃を続け、2位に大差をつけてのプレミアリーグ初優勝を達成。前身リーグから数えて30年ぶりの快挙を成し遂げた。2020年8月15日、プレミアリーグは2019/20シーズンの最優秀監督にクロップを選出したと発表。この受賞はリヴァプールの監督としてもドイツ人監督としても初となる。

2020-21シーズン、11月22日、第9節、首位レスターとの対戦で勝利し、クラブ新記録となるホームゲーム64戦無敗記録を達成した